К сожалению, из вашего вопроса не понятно что называется "программой"
Если программа - это ипотечная программа, то все ее особенности должны быть отражены в вашем кредитном договоре. Обычно при досрочном погашении кредта сокращается срок, по согласованию с банком может сокращаться размер выплат.
Если программа - это какое-то программное обеспечение в банке, то с такой программой может происходить все что угодно, особенно если пользователь компьютера не очень опытный. Исходя из вашего кредитного договора можно математически выщитать любые изменения графика.

В кредитном договоре также может быть предусмотрена обязанность банка произвести перерасчет и выдать новый график платежей.

Ранее я писал материал на тему дифференцированных платежей "Аннуитетные и дифференцированные виды платежей"